Il primo organo risale al 1700, un organo piuttosto piccolo. Ridotto in cattivo stato, nel 1800 subisce vari restauri, finché viene definitivamente sostituito da quello attuale, che risulta fabbricato nell'anno 1857 dai Fratelli Rasori di Bologna nella monumentale Chiesa dei Minori Conventuali di Bologna, stimato all'epoca "capolavoro d'arte".

Verso la fine del 1800, i Padri di Bologna decidono di vendere l'organo, ritenendolo troppo piccolo per le esigenze della loro Chiesa.

Nel 1891 P. Antonio Fontana, venuto a conoscenza di questa decisione, propone l'acquisto dell'organo alla Fabbriceria di San Francesco d'Albaro, che ritiene opportuno cogliere la favorevole occasione e provvede a rilevarlo.

Poiché il nuovo organo è di dimensioni maggiori del precedente, con la consulenza dell'organaro Adriano Verati di Bologna e del prof. Bossola, si studiano le necessarie opere di ampliamento da eseguire per la sua collocazione nell'orchestra della navata di destra, ponendo attenzione a non ledere l'armonia dell'architettura della chiesa con l'orchestra di prospetto della navata di sinistra.

La tastiera risulta di 58 tasti, la pedaliera di 18 pedali.

In tempi successivi vengono eseguite modificazioni e miglioramenti: la pedaliera viene cambiata in una cromatica a pedali lunghi a raggiera di 27 note, viene aggiunta una seconda tastiera, sono potenziati e aggiunti nuovi registri, un nuovo mantice a pompa ed una nuova meccanica.

Nel 1969 la ditta Inzoli di Crema esegue l'ultimo sostanziale ritocco ed il conseguente ammodernamento dell'organo, conferendogli nuova potenza e nuove combinazioni di suoni.

La Consolle (con tutti i comandi e le tastiere) viene tolta dall'orchestra della navata destra e posizionata nel coro, dietro l'altare.

Dati tecnici relativi all'organo Inzoli di Crema

– organo a trasmissione elettrica e elettropneumatica

– n. 2 tastiere a 61 note (estensione da DO 1 a DO 61)

– Pedaliera concavo-radiale di 32 leve (estensione da DO 1 a SOL 32)

– N. 28 registri reali così distribuiti

11 al Grand'Organo (prima tastiera 830 canne)

10 al Recitativo-espressivo (seconda tastiera 830 canne)

5 al Pedale (100 canne)

totale canne organo : 1760.

Oltre ai registri di canne sonore sono presenti le Campane (alla seconda tastiera e al pedale, 13 note) e il Tremolo acustico.

– Consolle dotata di pedaletti per gli accoppiamenti principali, per i Ripieni e per Tutti, nonché provvista di 4 memorie aggiustabili (congegni con i quali si possono prememorizzare gruppi di registri che verranno inseriti nel momento desiderato dall'organista senza che questi tolga le mani dalla tastiera) e di staffe per il Crescendo e l'Espressione della seconda tastiera.

– Somieri dotati di comandi a magnete tradizionale, che a loro volta danno aria alle borsine (o mantici, o manticelli) in pelle, per il suono delle singole canne sonore.

– Fra gli accessori merita menzione il Traspositore per alzare o abbassare la tonalità di un brano fino a un tono sopra o sotto senza cambiare le note dello spartito.

– La manticeria è formata da 4 mantici a lanterna (ad apertura parallela verticale), due di ampie dimensioni e due più piccoli per la corretta pressione del suono, comandati a loro volta da un recente elettroventilatore (non originale, in quanto sostituito nel 2006 dalla ditta M. Elice di Genova) di un cavallo di potenza.